主要原因在于广州户籍人口比较多，老人也比较多，所需要支付的养老金也更多。有很多外地人口到广州来打工，没有干满15年就已经离开，这时候就算把社保转走，公司缴纳的部分也是无法转走的，那么就相当于给广州户籍的人口做了贡献，所以相比之下深圳户籍人口比较少，年轻人比较多，而大部分人会在35岁以前离开，那么深圳所支付的养老金就不需要那么多，所以社保可以少交。
广州和深圳在经济发展、城市规划、产业结构等方面存在着一定的差距。深圳作为中国改革开放的先行者，拥有先进的科技产业和高新技术企业，得到了大量的外资和国际化资源的支持，成为国际化程度较高的城市。
而广州虽然也在不断发展壮大，但相对来说产业结构相对传统，发展起步相对较晚，尚未完全形成明显的优势产业。同时，地理位置、政策支持、人才吸引等方面也造成了两地的差距。