南风菇应该在采摘后尽快清洗干净，用干毛巾或吸水纸吸干水分，然后将它们装进保鲜袋中，把尽可能多的空气挤出来，用扎口或夹子封紧口，放进冰箱保存。在冰箱中，温度应该控制在2-5℃之间，保鲜期约为7-10天。如果南风菇在保存期间发现有发霉、变色或强烈的腐臭味，应该立即扔掉，以免影响其他食材的质量和安全。
南风菌是一种较为珍贵的野生菌，保鲜方法有以下几种：
1. 米汤膜保鲜：用做米饭时的稀米汤，加入1%纯碱或5%小苏打（碳酸氢纳），冷却至室温。将采下的南风菌浸入米汤碱液中，5分钟后捞出，置阴凉干燥处。此时在蘑菇表面形成一层米汤薄膜，可以隔绝空气，可保鲜3天。
2. 抗坏血酸保鲜：野生菌采收后，往鲜菇上喷0.1%的抗坏血酸液，装入非铁质容器内，可保鲜3-5天，其鲜度、色泽基本不改变。
3. 麦饭石保鲜：将南风菌装入塑料盒中，以麦饭石水浸没菇体，置于0以下低温保鲜，保鲜期可达70天，而且氨基酸含量与鲜菇差别不大。
4. 速冻保鲜：将新鲜南风菌洗净后，放入冰箱冷冻层冷藏，可以保存一两年时间。
5. 油炒保鲜：将新鲜南风菌洗净后，用香油炒至8分熟，然后分成几小袋装，放入冰箱冷藏，可以保存数天。
6. 干制保鲜：将新鲜南风菌晒干或烘干，密封保存，可以长期保存。
7. 盐腌保鲜：将新鲜南风菌洗净后，用盐腌制一段时间，然后取出晾干，密封保存，可以延长保鲜时间。