华为Mate50 Pro海外版搭载了华为自主研发的EMUI13系统，这款系统是基于安卓12系统的可视化桌面UI优化系统，是安卓系统的深度定制版本，以及对UI桌面的设计，以及对软件系统的优化与管理，与OPPO的ColorOS、小米的MIUI系统类似。
因为华为作为一家中国的手机品牌，在其海外销售手机时也会使用国际上通用的操作系统，而目前全球最普遍的手机操作系统是Google的Android系统。
因此，华为手机海外版会使用Android系统。
同时，华为也有自家的操作系统HarmonyOS，但目前还只在国内部分机型上使用，还没有在海外市场推广使用。
需要注意的是，华为在受到美国制裁后，无法再使用Google的服务，因此在最新的手机产品中，华为采用了自己的应用商店和服务来替代Google Play等服务。