西安授时中心和商丘授时中心是中国国家授时系统的两个重要组成部分，它们的主要区别如下：

1. 地理位置：西安授时中心位于陕西省西安市，而商丘授时中心位于河南省商丘市。

2. 所属单位：西安授时中心归属于中国科学院地球环境研究所，而商丘授时中心归属于中国科学院上海天文台。

3. 研究重点：两个中心的研究重点可能有所不同。西安授时中心主要关注原子钟技术研究、精密授时系统建设和时频标准传输，而商丘授时中心则可能更加专注于天文测时和星地测时等领域。

4. 服务范围：两个中心的服务范围可能会有差异。西安授时中心提供时间频率传递和时间服务，向国内外进行时间标准传递和校准，为各行各业提供时间服务；商丘授时中心则可能更专注于天文观测和天文测时领域，为天文学研究和相关领域的需求提供服务。

这些是根据一般了解得出的比较，具体的差异还需要进一步了解或咨询相关中心的官方信息。