北京公租房的租金缴纳频率并没有固定的规定，但一般是在首期入住时间后交纳满3个月的房租，并建立好扣租账户以后，就可以自由选择按月、按季度或者按年来交纳房租。也就是说，公租房的租金的支付周期可以是每月一次，也可以是季度一次或年度一次。
北京公租房租金一般是按月交，每个月的5日至15日为缴费时间，超过这个时间将按日收取滞纳金。租金的缴纳可以选择线上或线下两种方式，线上可以通过手机银行、支付宝等在线缴纳，线下可以到银行或物业管理公司缴纳。需要注意的是，如果逾期未缴纳租金，可能会导致房屋租赁合同的终止和被清退出租房。