益生菌主要是对人的消化系统和肠胃比较有好处，对大脑没有太多的影响。益生菌通过在人的消化系统中帮助分解食物，促进消化和营养的吸收。所以也有利于为大脑提供能量补给。
益生菌对减肥有辅助作用，益生菌含有很多活性成分，可以促进肠道蠕动，促进体内代谢垃圾排出，单纯依赖益生菌减肥，而不进行饮食控制是没有效果的，单纯性肥胖是吃得多、缺乏运动引起，所以在饮食上就要减少摄入量，每餐不能吃太饱，脂肪含量多、油腻、热量高等食物尽量少吃或不吃，每天还要通过跳绳，跑步等运动消耗体内过剩能量，减少脂肪生成。
益生菌刺激肠上皮粘蛋白的产生，促进肠上皮细胞分泌β防御素，增强肠上皮细胞的自我保护。同时增加紧密连接蛋白对上皮细胞层的作用，抵抗病原对上皮细胞紧密连接的破坏。