违章停车发生交通事故，保险公司是否会赔偿取决于具体情况。违章停车本身不属于保险责任的范畴，但如果在行驶过程中发生了碰撞，造成了第三者的人身伤亡或财产损失，保险公司会在责任限额内进行赔偿。

需要注意的是，如果事故发生时车主存在违法行为，如逆行、闯红灯等，保险公司可能会提高免赔比例，即赔偿金额会相应减少。此外，对于违章停车被撞的情况，保险公司不会赔偿停车时的罚款。

总之，违章停车发生交通事故时，保险公司会根据事故的具体情况决定是否赔偿，以及赔偿金额。建议在行驶过程中遵守交通规则，避免违章行为，以降低风险。同时，购买相应的保险额度，以便在发生事故时能够得到更好的经济保障。